Кишечными проявлениям являются схваткообразные боли в животе, диарея, метеоризм, трещины и воспаление в области заднего прохода. Больной худеет, у него появляются признаки гиповитаминоза, метаболические расстройства различной степени тяжести. К внекишечным признакам относят также лихорадку, анемию, афтозный стоматит, артрит, поражения глаз (ирит, увеит, эписклерит).
Болезнь Крона опасна не только своими проявлениями, но и тяжелейшими осложнениями: кишечная непроходимость, перфорация стенки кишечника с развитием перитонита, массивное кровотечение, внутренние и наружные свищи, стриктуры кишки, воспалительные инфильтраты. Все эти осложнения лечатся только хирургическим путем.